Dans les rivières traversant des bassins agricoles, le colmatage du substrat par les sédiments crée des conditions biogéochimiques propices à l’hypoxie avec production de substances toxiques pour les Salmonidae. L’estimation de la survie sous graviers d’œufs de truite enfouis au stade embryonné et relevés à différents stades de développement (pré-œillé, œillé, éclos, émergents) et le suivi en parallèle de la chimie des milieux interstitiels sur les deux secteurs retenus (oxygène dissous, nitrite et ammonium) mettent en évidence que : (1) les mortalités sont fortes dès le stade œuf dans les deux ruisseaux mais plus accentuées et précoces dans le ruisseau sur schiste; (2) dans le compartiment interstitiel des ruisseaux, les concentrations en oxygène sont faibles et les teneurs en nitrite suffisantes pour expliquer une partie des mortalités constatées, ce qui est d’autant plus marqué lorsque les teneurs en oxygène sont basses. Ce cas est notamment constaté sur schiste où les sédiments sont les plus fins et le colmatage accru. Les concentrations en ammoniaque semblent en revanche trop faibles pour influencer la survie ; (3) les mortalités élevées constatées en début d’incubation influent sur la composition azotée de l’eau interstitielle à proximité des œufs, entraînant une forte production d’ammonium et de nitrite, et conduisant à un effet en chaîne au fur et à mesure que la décomposition des embryons morts progresse.