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The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae)
Corresponding author: Gaël P.J. Denys, gael.denys@mnhn.fr
How to cite: Denys, G. P. J., Josset, Q., Verde Ferreira, A., & Dettaï, A. (2024). The complete mitochondrial genome of a new invader fish in France, the pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae) (early view). Cybium. https://doi.org/10.26028/CYBIUM/2024-005
The pink salmon Oncorhynchus gorbuscha (Teleostei, Salmonidae) is a North Pacific species. It arrived in Northern Europe through freshwater migration each odd year since 2017, creating management issues. In this study, we sequenced a complete mitochondrial genome for a pink salmon caught in the Bresle River (France) with a museum voucher. The sequence is 16,695 bp in length and is similar to previous mitogenomes published within this genus. Length heteroplasmy on the control region for this species was detected, as described in previous molecular studies. We tested several primers commonly used for metabarcoding studies on four markers (12S, 16S, COI and Cytb), and all allow the discrimination of this species. This mitogenome is a reference for molecular identification, for instance in like environmental DNA studies.
Le génome mitochondrial complet d’un nouveau poisson téléostéen invasif en France, le saumon rose Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum, 1792) (Teleostei, Salmonidae)
Le saumon rose Oncorhynchus gorbuscha (Teleostei, Salmonidae) est une espèce du Pacifique Nord arrivée en Europe du Nord avec une migration en eau douce chaque année impaire depuis 2017, générant des problèmes de gestion. Dans cette étude, nous avons séquencé le génome mitochondrial complet d’un saumon rose d’un spécimen enregistré en collection et capturé dans la rivière Bresle (France). La séquence a une longueur de 16 695 pb et est similaire à d’autres mitogénomes publiés chez ce genre. Cependant, nous avons mis en évidence une hétéroplasmie de longueur sur la région de contrôle pour cette espèce confirmant les études moléculaires précédentes. Nous avons également testé plusieurs amorces couramment utilisées pour les études de métabarcoding sur quatre gènes (12S, 16S, COI et Cytb). Tous les marqueurs permettent la discrimination de cette espèce. Notre mitogénome peut être utilisé comme référence pour l’expertise moléculaire, par exemple pour des approches d’ADN environnemental.
