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Bendima: a database for marine macro-invertebrate bycatch data designed to improve reproducibility in benthic ecology
Corresponding author: Alexis Martin, alexis.martin@mnhn.fr
The difficulty of identifying marine macro-invertebrates and the lack of experts, added to the growing use of complex modeling approaches based on massive datasets, has led to a reproducibility crisis in benthic ecology. Improving the reliability of identification remains a key factor to increase the quality of raw data. We developed the database Bendima to manage benthic macro-invertebrate bycatch data from the scientific survey of the French Southern Ocean and Indian Ocean fisheries. This database is structured to store observations of macro-invertebrates in the form of images of the caught organisms associated to sampling effort data and molecular data, which allows for ongoing amendments to identifications and crossreferencing with barcode data. Once uploaded and stored as digital images, the Bendima observations data underpinning models can be fully assessed, criticized and compared. Here, we describe the Bendima system and provide an overview of the contents for teams involved in biodiversity database development, benthic ecology or fisheries monitoring.
Bendima : une base de données pour les captures accessoires de macro-benthos développée pour améliorer la reproductibilité des travaux de recherche en écologie benthique
La difficulté de l’identification des macro-invertébrés marins, la pénurie de systématiciens experts de ces groupes et l’utilisation croissante de techniques de modélisation complexes basées sur des jeux de données massifs ont conduit à une crise de reproductibilité des travaux de recherche en écologie benthique. Dans ce contexte, améliorer la fiabilité des données d’identifications demeure un facteur clé de l’amélioration de la qualité des données brutes utilisées dans les modèles. Dans le cadre de notre programme de suivi scientifique des pêcheries françaises de l’océan Austral et de l’océan Indien, nous avons développé la base de données Bendima qui a pour objectif de gérer les données de captures accessoires de macro-invertébrés benthiques. Cette base de données permet de stocker les observations de macro-invertébrés sous la forme de collections d’images d’organismes, de métadonnées des protocoles d’acquisitions et de données de barcoding moléculaire, autorisant un retour aux identifications à l’origine des données brutes exploitées par les modèles. Les résultats des travaux de modélisation reposant sur les jeux de données extraits de Bendima peuvent être ainsi pleinement évalués et comparés, la bancarisation des données primaires utilisées dans les modèles n’étant pas limitée à de simples tables d’occurences non vérifiables. Nous fournissons dans cet article une description globale de la structure de Bendima et un aperçu général de ses contenus. Notre article a pour objectif de présenter notre approche méthodologique à la communauté scientifique, notamment aux équipes travaillant sur le développement de bases de données de biodiversité, la recherche en écologie benthique ou le suivi scientifique de pêcheries.
