La contamination des eaux courantes par les nitrates s’est développée depuis 1975 en raison de l’intensification rapide des productions végétales et animales. Les concentrations, maximales de décembre à janvier, atteignent de 30 à 200 mg/l selon la pluviométrie, l’hydrologie, et la charge polluante sur le bassin. En été, les concentrations sont de 15 à 30  mg/l dans les zones de production semi-intensive ou protégées, mais elles dépassent 30 à 70 mg/l dans les zones d’élevage bovin et porcin très développé. La stabilisation et la régression de cette pollution demande la mise en œuvre d’une série de mesures agro-zootechniques nombreuses coordonnées et durables. Dix sites de la Flume (bassin schisteux) et de la Loysance (bassin granitique), ont été contrôlés de mars à décembre en fonction de l’hydrologie. Par ailleur la chromatographie en phase gazeuse a été comparée à la méthode immuno-enzymatique ELISA pour les analyses d’eau. La recherche des mêmes molécules chez les poissons et les macrophytes a été faite par chromatographie et spectrométrie de masse. L’atrazine et le lindane ont été retrouvés à chaque date de contrôle à des concentrations de 0,2 à 25 µg/l pour l’atrazine et de 10 à 70 ng/l pour le lindane en fonction du site, de la date de de l’hydrologie. Les concentrations sont généralement 2 à 3 fois plus élevées en bassin schisteux qu’en bassin granitique. Par ailleurs, en période de crue, elles sont multipliées par 5 à 20 pendant le premier jour. Seize autres molécules de 5 familles chimiques ont été retrouvées à des concentrations de 0,1 à 4 µg/l (phénylurées, carbamates, phénols, amides, aryloxyacides). Les poissons, juvéniles et adultes, sont contaminés dès le mois d’avril par l’atrazine et le lindane, aussi bien dans les muscles, le foie et les graisses du tube digestif (10 à 350 µg/kg) que pour les gonades, mâles ou femelles (5 à 25 µg/kg). Ces deux xénobiotiques sont encore présents en octobre, notamment chez l’anguille (Anguilla anguilla) et le chevaine (Leuciscus cephalus). L’estimation de la bioconcentration globale conduit à un coefficient de 6 à 25 pour l’atrazine et de 102 à 104 pour le lindane. La contamination des plantes aquatiques a été observée à partir des Bryophytes, Hélophytes et Hydrophytes. L’atrazine et le lindane peuvent être présents ensemble ou non, chez une espèce, toutes les espèces (juin) ou dans tous les organes (faux-roseau) aussi bien en juillet qu’en septembre. Les concentrations observées sont très variables (40 à 800 µg/kg MS pour l’atrazine, 35 à 150 µg/kg MS pour le lindane), selon l’espèce, la saison et l’hydrologie de la rivière. La discussion concerne l’approche expérimentale des investigations à mener en milieu naturel, la formation d’une concentration dans un cours d’eau, les impacts difficiles à définir sur l’équilibre d’écosystèmes déjà fragilisés, le choix de biomarqueurs intégrateurs spécifiques, plus riches en information que des analyses d’eau instantanées et faites en nombre souvent insuffisant.