L’anatomie céphalique de Ciliata mustela justifie sa position au sein des téléostéens. C’est un paracanthoptérygien par l’absence de protraction buccale et la présence d’un levator maxillae superioris bien développé ; c’est un Gadiforme par la composition du neurocrâne. La complexité, la forme et les dimensions de certaines structures soulèvent cependant des problèmes fonctionnels propres à Ciliata mustela.