L’objectif de ce travail est de préciser les conditions d’élaboration d’un système de bio-indication de la qualité des eaux par les macrophytes. Trois indices existants ont été testés sur le Scorff (Bretagne, France), mais ne s’avèrent guère pertinents pour traduire l’impact d’une pollution ponctuelle sur les phytocénoses aquatiques. Ces métriques sont en effet largement sensibles aux paramètres de l’habitat physique et la distribution des macrophytes selon ces facteurs est alors précisée. Des ensembles floristiques peuvent être ainsi dégagés et les apports possibles d’une typologie écomorphologique sont étudiés. Il s’agit alors d’intégrer cette hiérarchie des facteurs écologiques dans l’élaboration d’une métrique synthétique de la qualité des eaux, en regard des tentatives déjà existantes. La référence à un état est nécessaire mais s’avère particulièrement délicate à mettre en œuvre et le concept de capacité d’accueil en macrophytes de la rivière pourrait être une autre manière plus pragmatique de poser le problème.