Le placement des truites (Salmo trutta) et des chabots (Cottus gobio) a été étudié en ruisseau naturel grâce à des observations réalisées de jour et de nuit en plongée en apnée. La position des poissons a été décrite en mesurant dix variables d’habitat se rapportant à trois échelles spatiales différentes : microhabitat, ambiance et faciès. Pour chaque espèce, des analyses factorielles ont permis de dégager des classes multivariées et multi-échelles d’habitat occupé, dont la signification biologique a été précisée grâce aux observations du comportement. Aucune des échelles spatiales choisies ne s’est avérée pertinente pour décrire les changements d’habitat des chabots au cours de l’étude. Dans les variables étudiées, seule la variable « distance à la veine de courant » s’est révélée significative. Chez la truitelle d’un an, des différences significatives d’utilisation de l’habitat ont été mises en évidence selon l’activité des individus de jour et de nuit, pour des variables comme la position dans la colonne d’eau, la vitesse moyenne, la granulométrie et la distance à la veine de courant. La prise en compte de l’activité des poissons au cours du nycthémère constitue une première approche dans la définition d’un habitat fonctionnel en milieu lotique.