Les communautés ichtyologiques de trois biotopes lagonaires néo-calédoniens: les récifs, les fonds de lagon et le littoral, sont comparées. Pour chacune de ces communautés la richesse spécifique, la densité et la biomasse globale ainsi que celles des principales familles ont été évaluées. Les récifs et les fonds durs lagonaires ont une richesse spécifique, densité et biomasse supérieures à celles des deux autres biotopes, le littoral ayant des valeurs intermédiaires et les fonds meubles les valeurs les plus basses. Les familles qui composent ces communautés diffèrent d’un biotope à l’autre, les récifs étant caractérisés par des poissons de taille plus grande et durée de vie supérieure à ceux des deux autres biotopes. Le littoral abrite beaucoup d’espèces de petite taille et les fonds meubles ont des poissons un peu plus grands mais dont l’espérance de vie est courte comme sur le littoral. Les variations spatiales sont plus faibles sur les récifs que sur les fonds meubles à grande échelle. En revanche, les fonds meubles sont plus homogènes à petite échelle. Les variations temporelles de la richesse spécifique sont faibles dans les trois biotopes, à court et à moyen terme. En revanche, la densité et la biomasse sont beaucoup plus variables sur les fonds meubles et le littoral que sur les récifs ou les fonds durs lagonaires. Cela est dû à l’abondance d’espèces à cycle court et d’espèces migratrices dans les deux premiers biotopes. La structure trophique en diversité, densité et biomasse des communautés ichtyologiques de ces trois biotopes a été analysée. Les récifs se caractérisent par l’abondance des herbivores (surtout microherbivores), le littoral comporte davantage de détritivores et les fonds meubles sont dominés par les planctonophages. La variabilité spatiale de la structure trophique est plus faible sur les récifs que sur les fonds meubles ou le littoral. Les planctonophages et les microherbivores sont les catégories trophiques qui varient le plus dans le temps et dans l’espace quel que soit le biotope. Les macrocarnivores sont le groupe trophique le moins variable. Les fonds meubles et le littoral ont des structures trophiques plus variables dans le temps et l’espace que celle des récifs. À l’échelle du lagon, ce sont les fonds durs qui supportent l’essentiel du stock de poissons lagonaires. Il en résulte que ce sont les macrocarnivores et les microherbivores qui forment les deux principaux groupes trophiques lagonaires.