Cette étude porte sur la variabilité morphologique de Tilapia kottae Lönnberg, 1904, un Cichlidae endémique de deux lacs de cratères (Barombi Kotto et Mboandong) situés sur la ligne volcanique du Cameroun ainsi que sur les affinités morphologiques de T. kottae avec d’autres espèces de Tilapia de la région. L’Analyse en Composantes Principales (effectuée sur des caractères morphométriques et méristiques classiques) montre l’existence, dans chaque lac, de deux phénotypes de T. kottae. Cette différenciation morphologique concerne le diamètre de l’œil, la longueur de la base des nageoires dorsale et anale, ainsi que la hauteur du corps. De plus, les populations des deux lacs divergent significativement, d’une part, par la longueur pré-dorsale et la longueur de la tête et, d’autre part, par le nombre de branchiospines et de rangées de dents maxillaires internes. C’est avec les Tilapias échantillonnés dans les lacs Ejagham et Bermin que les individus de T. kottae prélevés à Barombi Kotto et Mboandong présentent le plus d’affinités morphologiques comme l’a démontré la Classification hiérarchique des groupes. Cela est conforme avec des résultats moléculaires connus dans la littérature pour les Cichlidae du genre Tilapia de cette région. Nos résultats mettent en évidence le rôle de l’isolement géographique résultant de la fragmentation des habitats sur la variabilité morphologique de cette espèce.