L’introduction d’espèces envahissantes et la destruction d’habitats naturels sont les principales causes de l’extinction des téléostéens durant le siècle dernier. L’introduction d’espèces peut représenter un danger pour la survie des espèces endémiques, tant au niveau écologique (compétition, prédation,…) que sur le plan génétique, notamment suite aux phénomènes d’hybridation et d’introgression qui ne font qu’exacerber la situation. C’est le cas de l’espèce endémique Chondrostoma t. toxostoma qui s’hybride avec l’espèce Chondrostoma n. nasus (introduite en 1860). Pour en étudier les conséquences génétiques, nous avons utilisé sept populations de C. t. toxostoma, six populations de C. n. nasus et deux zones hybrides, représentant 568 spécimens. Nous avons utilisé quatre caractères méristiques, 18 loci enzymatiques et 500 pb du gène mitochondrial cytochrome b. Nous démontrons l’absence de barrière reproductive entre les deux espèces de chondrostomes, la capacité introgressive de leur génome tant au niveau mitochondrial que nucléaire et la survie des individus hybrides. La combinaison de ces trois différents marqueurs constitue un outil puissant dans la détection des différents niveaux d’hybridation. Cette étude est la première à tenir compte de l’hybridation afin de protéger et de conserver l’espèce endémique Chondrostoma t. toxostoma.