Strong genetic difference of Eurasian perch Perca fluviatilis from two Alpine lakes used as founder populations for farming

Ben Khadher S., Teletchea F., Agnese J.F., Fontaine P.

Date de parution: octobre 2019
Volume: 43
Number: 3
Pagination: 217-225
Editeur: Société Française d’Ichtyologie
doi: https://doi.org/10.26028/cybium/2019-433-002
Notes:

Corresponding author: Fabrice Teletchea, fabrice.teletchea@univ-lorraine.fr

Résumé

In this study, the genetic diversity of Eurasian perch Perca fluviatilis was compared between two lakes, Lake Geneva and Lake Neuchâtel, which are only separated by 50 km and often used to establish the broodstock for farming. Perch were sampled in six localities in Lake Geneva, and two localities in Lake Neuchâtel. Analyses were performed using twelve microsatellites in June 2012 (spawning period) and September 2012 (early autumn). Results revealed that perch populations in Lake Geneva were genetically different than those of Lake Neuchâtel. Genetic diversity of perch in Lake Neuchâtel (mean number of allele = 6.91, allelic richness Ar = 5.19 and observed heterozygosity Ho = 0.607) were significantly higher than for perch in Lake Geneva (= 6.08 Ar = 5.86 and Ho = 0.416). Some private alleles were present and characterize each lake population. According to FST-pairwise estimates, populations of the two lakes were significantly different. Some hypotheses that may explain this difference are discussed: the nature of the watershed and the anthropic pressures, as fishing pressure and aquaculture practices. Even at a fine-local scale, the choice of the origin of a wild population influences the initial genetic variability introduced in the farming system at the first step of domestication.

Mots-clés: Fish domestication - Genetic diversity - Lake Geneva - Lake Neuchâtel - Perca fluviatilis
Résumé en français

Différence génétique entre des populations de perche eurasienne Perca fluviatilis de deux lacs alpins utilisées comme populations fondatrices en perciculture.

Dans cette étude, la diversité génétique de la perche eurasienne Perca fluviatilis a été comparée entre deux lacs, le lac Léman et le lac Neuchâtel. Ces deux lacs sont séparés seulement par 50 km mais situés sur deux bassins hydrographiques différents et leurs populations sont souvent utilisées comme populations fondatrices en perciculture. Des spécimens de perche ont été échantillonnés au niveau de deux sites du lac Neuchâtel et de six sites du lac Léman à deux périodes : à la fin de la période de reproduction en juin 2012 et en septembre 2012 (début de l’automne). Les analyses ont été réalisées à l’aide de douze microsatellites. Les perches vivant dans le lac Léman sont génétiquement différentes des perches du lac Neuchâtel. En effet, la diversité génétique est plus forte pour les populations du lac Neuchâtel (nombre moyen d’allèles = 6,91, richesse allélique Ar = 5,19 et hétérozygotie observée Ho = 0,607) que celle du lac Léman (= 6,08, Ar = 5,86 et Ho = 0,416). Des allèles privés sont présents dans les populations de chaque lac ce qui les caractérise. Selon les FST-pairwise, les populations des deux lacs sont significativement différentes. Quelques hypothèses sont discutées pour expliquer une telle différence : la nature du bassin hydrographique et les actions anthropiques, notamment la pression de pêche et les pratiques aquacoles. Même à petite échelle, le choix de l’origine des populations fondatrices naturelles influence la variabilité génétique initiale et les mises en captivité pour les premières étapes de domestication.

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