Nous présentons dans ce travail un catalogue de polymorphismes biochimiques accessibles chez Trachurus trachurus et T. mediterraneus par électrophorèse en gel d’amidon. La description des zymogrammes des LDH, IDH, MDH, ACP, EST, MOD, GAPDH, PGDH, SDH, GLO, GPI, PGM, ainsi que celle des composants protéiniques majeures du muscle squelettique permettent de caractériser l’état allélique de 29 locus, dont 22 ont manifesté une activité enzymatique. Nous avons détecté 12 locus diagnostiques présentant des allèles alternatifs dont 10 à activité enzymatique. Bien que les taux d’hétérozygotie sont comparables, les taux de polymorphisme sont plus élevés pour T. mediterraneus. La distance génétique et les identités montrent une importante divergence génétique chez les deux espèces.